1. Одной из причин того, почему династия Годуновых не удержалась у власти, стала потеря поддержки со стороны крестьян - основного слоя населения. Так, при вступлении на престол Борис давал много обнадеживающих обещаний крестьянам, но льготы предоставленные отдельным местностям, быстро исчерпали себя, а налоговый гнет на деревню постепенно лишь усиливался, способствуя тем самым её разорению - всё это усугубилось также и голодом, наступившим в начале 17 века, обуславливающим ещё более ухудшение положения крестьян на деревне в целом, из-за чего Борис Годунов и лишился поддержки низов и что привело династию Годуновых к концу.
2. Причиной того, что династия Годуновых не смогла длительное время у власти, было то, что в обществе распространились убеждения, что Годунов пришел к власти через убийство законного наследника. Так, по результатам следственной комиссии По Угличскому делу одной из ключевых версий было убийство наследника Ивана Грозного именно по приказу Бориса Годунова, распространение этой версии в народе привело ко мнению, что нахождение у власти цареубийцы влечет Божью кару государству, а значит, пока Годуновы правят – кара будет действовать, из чего следовало неприятие династии, являющееся причиной отстранения Годуновых от власти
3. Среди причин кратковременного нахождения династии Годуновых у власти было недовольство аристократии Борисом Годуновым, так, почитателями Бориса были дворяне, которых особенно восхищала его щедрость к служилым людям, тогда как родовая знать испытывала к новому правителю неприязнь, считая, что у многих боярских родов больше прав на трон и пришествие Бориса Годунова к власти - ошибка, из чего и сложилось отсутствие поддержки аристократии в сторону новой династии, способствующее снижению её авторитета и как следствие - отстранению от власти.
Источник: История с Алей Виноградовой